黑龙江省绰纳河自然保护区拥有广阔的沼泽湿地、河流纵横，泡沼较多，在雨季和河流涨水时，起着天然水库的作用。

保护区内主要河流有绰纳河，发源于伊勒呼里山北坡，由西向东注入呼玛河，境内流长约25千米。清水河是绰纳河主要支流，流长约18千米，由西北往东南流入绰纳河。空碾子河和东吾罗河是绰纳河的两条支流，空碾子河流长约13千米，东吾罗河，流长约16千米，均由西南往东北注入绰纳河。

绰纳河的另一条河流是古龙干河，主河在保护区流长48千米，大小支流十余条。这些支流受降雨量影响较大，在7-8月份降水量大的季节雨量集中，因而水流大；雨量疏缓水流小，甚至有的干涸，河槽明显，形成大面积的湿地景观。