黑龙江省绰纳河自然保护区属低山丘陵地貌，以丘陵地貌为主，地形起伏不大，地势由西向东缓缓倾斜，坡度较小，以平缓坡为主。本区最高海拔为605米，最低海拔为238米，平均海拔为421米。

绰纳河自然保护区地质特点是在母岩中火成岩广泛分布，区内主要分布花岗岩，其次为玄武岩和安山岩，沉积岩和变质岩在局部地区零星分布。

绰纳河保护区内地貌特点是平缓坡面积比重较大，大部分地区土壤肥沃，植被茂盛，湿地生态特征明显，为建立湿地与森林生态系统自然保护区提供了有利条件。